La discografía de Milanés cuenta con más de 40 álbumes en solitario, a lo que debe sumarse una quincena de trabajos con el GESI, más su gran cantidad de trabajos en álbumes colectivos y colaboraciones con otros artistas

Discografía como solista:

• 1973: Versos sencillos de José Martí
• 1975: Canta a Nicolás Guillén
• 1976: La vida no vale nada
• 1977: No me pidas
• 1979: El guerrero
• 1979: Aniversarios
• 1982: Filin 1
• 1982: Yo me quedo
• 1983: El pregón de las flores, con Lilia Vera
• 1983: Años 1, con Luis Peña
• 1984: Ao vivo no Brasil (en vivo en Brasil)
• 1985: Querido Pablo
• 1985: Comienzo y final de una verde mañana
• 1986: Años 2, con Luis Peña y Cotán
• 1987: Buenos días, América
• 1987: Trovadores, con Armando Garzón
• 1988: Proposiciones
• 1989: Filin 2
• 1989: Filin 3
• 1990: Identidad
• 1991: Canto de la abuela
• 1991: Filin 4
• 1991: Filin 5
• 1992: Años 3, con Luis Peña, Cotán y Compay Segundo
• 1994: Canta boleros en Tropicana
• 1994: Evolución
• 1994: Igual que ayer, con Caco Senante
• 1994: Orígenes
• 1994: Plegaria
• 1995: Si yo volviera a nacer, con María Felicia y José María Vitier
• 1995: En blanco y negro, con Víctor Manuel
• 1997: Despertar
• 1998: Vengo naciendo
• 2000: Días de gloria
• 2000: Live from New York City (en vivo en la ciudad de Nueva York)
• 2002: Pablo Querido
• 2005: Como un campo de maíz
• 2005: Líneas paralelas, con Andy Montáñez
• 2008: Regalo